狼疮性神经系统损害不能轻视，出现系统性红斑狼疮神经系统损害表现的病人中8%～16%的病人有血管病变，临床主要表现有血栓栓塞性血管病，最多见的症状为一过性脑缺血发作或局灶性定位症状(如偏盲、偏瘫、偏身感觉障碍或失语等)，出现局灶性神经系统症状者抗磷脂抗体的出现多为有意义的变化。其机制为抗磷脂抗体促使血管内膜增生及小动脉血栓形成。
血栓形成出现神经系统症状的系统性红斑狼疮病人以糖皮质类固醇治疗通常无效，小剂量抗血小板聚集药物可能有一定的预防作用。
狼疮性头痛是系统性红斑狼疮非常多见的神经精神症状，约占系统性红斑狼疮病人的16%～19%，有时头痛非常剧烈，头痛的原因较多，有血管炎性的、高血压性的、单纯偏头痛或肌肉紧张性头痛。
脑病综合症，系统性红斑狼疮对脑部的损害是多方面的，可出现多种质性脑病表现，如认知功能障碍、情感异常、人格异常、痴呆等。其发生率约在3%～30%之间;急性脑病综合症，往往是系统性红斑狼疮的表现，有时仅仅是系统性红斑狼疮的唯一表现。
